Les baies abritées et les plateaux récifaux peu profonds de Nusa Lembongan ont fait de l'île le principal terrain d'entraînement de Bali pour le baptême de plongée au début des années 2010, lorsqu'une combinaison de courants calmes, de chenaux à haute visibilité et d'observations de raies manta toute l'année a détourné les opérateurs de Sanur et Candidasa. L'île se situe au confluent du courant indonésien et des remontées d'eau de l'océan Indien, un carrefour hydrographique qui pompe une eau riche en nutriments à travers le détroit de Badung et soutient l'une des concentrations de mégafaune pélagique les plus denses d'Asie du Sud-Est dans les limites de la plongée récréative. Crystal Bay, Manta Point et Blue Corner se trouvent dans un rayon de trois kilomètres du village de Jungutbatu, le centre de départ de la plupart des excursions de baptême de plongée à Nusa Lembongan, et les sites dépassent rarement dix-huit mètres de profondeur. Le gouvernement de Bali a officialisé la zone marine protégée de Nusa Lembongan en 2010, imposant des interdictions de pêche saisonnières et un mouillage sur bouées uniquement pour protéger les jardins de coraux durs qui bordent la côte nord-ouest de l'île. En 2015, les observations de raies manta à Manta Point s'étaient stabilisées à un taux de rencontre de soixante-treize pour cent pendant la saison sèche, et le site est devenu l'ancrage des itinéraires de plongée pour débutants combinant une formation en eau confinée en piscine avec deux descentes en eau libre. Les centres de plongée de l'île opèrent sous l'accréditation conjointe de PADI, SSI et de l'Indonesian Dive Resort Association, et tous les programmes d'initiation incluent une orientation sur récif peu profond à Mangrove Point ou Lembongan Bay avant de progresser vers les chenaux plus profonds au large de Nusa Penida. La topographie sous-marine varie des parois verticales tombant à trente mètres à Ceningan Wall au fond de sable et de débris en pente douce à Toyapakeh, où la visibilité atteint en moyenne vingt-cinq mètres et la température de l'eau se maintient entre vingt-six et vingt-huit degrés Celsius toute l'année. La saison des remontées d'eau froide de juillet à octobre attire les mola mola vers les stations de nettoyage de Crystal Bay, bien que les fortes thermoclines et les conditions de houle poussent souvent ces plongées au-delà des limites de certification de niveau découverte. La plupart des expériences de plongée sous-marine pour débutants à Nusa Lembongan se concentrent plutôt sur les sites nordiques plus calmes, où des bancs de fusiliers, de poissons-perroquets et d'occasionnels requins de récif offrent des rencontres fiables sans les exigences techniques de la plongée dérivante. La géographie compacte de l'île permet aux opérateurs d'organiser plusieurs sessions par jour, avec des départs matinaux calés sur la marée montante et des créneaux en début d'après-midi réservés pour les deuxièmes plongées sur des sites situés à moins de quinze minutes en bateau des rampes de lancement de Jungutbatu.