La zone marine protégée entourant Nusa Lembongan, établie en 2010, protège 200 kilomètres carrés d'écosystèmes récifaux et désigne 16 sites de plongée nommés accessibles en 20 minutes de bateau depuis le port de Jungut Batu. La visibilité sous l'eau est en moyenne de 15 à 30 mètres toute l'année, avec des thermoclines descendant jusqu'à 18°C pendant la saison de remontée d'eau froide d'août à octobre, lorsque les mola mola — poissons-lune océaniques dépassant 2 000 kilogrammes — remontent des canaux profonds vers les stations de nettoyage près de Crystal Bay et Manta Point. Les opérateurs affiliés à PADI sur l'île proposent la progression complète des certifications récréatives : sessions d'initiation Discover Scuba Diving pour les débutants, cours Open Water Diver s'étalant sur trois à quatre jours avec des compétences en milieu protégé et quatre plongées de formation en milieu naturel, et modules Advanced Open Water mettant l'accent sur la plongée dérivante et les spécialités de plongée profonde adaptées à la topographie balayée par les courants de l'île. Les sites du nord — Blue Corner, Jackfish Point, Mangrove — présentent des jardins de corail en pente douce et des espèces macro, notamment des hippocampes pygmées et des murènes ruban bleu, tandis que l'exposition sud au niveau de Ceningan Wall présente des tombants verticaux jusqu'à 40 mètres et des observations régulières de requins de récif à pointes blanches et de bancs de carangues. La zone protégée interdit les méthodes de pêche destructrices et le mouillage sur corail vivant, ce qui entraîne une biomasse de poissons nettement plus élevée par rapport aux zones non réglementées situées 15 kilomètres à l'est. Les données d'enquête de 2024 ont documenté des populations de raies manta stables à environ 120 individus fréquentant le canal entre Lembongan et Penida, avec des stations de nettoyage actives lors des marées montantes lorsque la densité de plancton atteint son apogée. L'infrastructure terrestre s'est développée en 2022 lorsque trois centres de plongée ont ajouté des systèmes à membrane nitrox et amélioré leurs installations de compresseurs pour accueillir 40 plongeurs par jour sans dégradation de la qualité. Les horaires des cours suivent la structure modulaire de PADI : théorie via e-learning complétée avant l'arrivée, sessions en milieu protégé dans la baie calme du nord-est avant 10h00, et plongées de validation sur des sites intermédiaires où la profondeur maximale reste dans les limites de la certification. Les instructeurs maintiennent des ratios de 4 étudiants pour 1 moniteur pour les programmes Open Water, et 2 pour 1 pour les participants au Discover Scuba. La taxe du parc marin — 100 000 IDR par personne et par jour — finance les patrouilles de gardes forestiers et l'entretien des bouées de mouillage sur les 16 sites, collectée lors de l'enregistrement au magasin avant la remise de l'équipement.