L'Area Marina Protetta che circonda Nusa Lembongan, istituita nel 2010, protegge 200 chilometri quadrati di ecosistemi corallini e designa 16 punti di immersione nominati accessibili entro 20 minuti di barca dal porto di Jungut Batu. La visibilità dell'acqua è in media di 15-30 metri tutto l'anno, con termoclini che scendono a 18°C durante la stagione di risalita da agosto a ottobre, quando i mola mola — pesci luna oceanici che superano i 2.000 chilogrammi — risalgono dai canali più profondi verso le stazioni di pulizia vicino a Crystal Bay e Manta Point. Gli operatori affiliati PADI sull'isola offrono l'intera progressione delle certificazioni ricreative: sessioni introduttive Discover Scuba Diving per i principianti, corsi Open Water Diver della durata da tre a quattro giorni con abilità in acque confinate e quattro immersioni in acque libere, e moduli Advanced Open Water che enfatizzano le immersioni in corrente e le specialità di immersione profonda adatte alla topografia spazzata dalle correnti dell'isola. I siti settentrionali — Blue Corner, Jackfish Point, Mangrove — presentano giardini di corallo in leggera pendenza e specie macro tra cui cavallucci marini pigmei e murene a nastro blu, mentre l'esposizione meridionale a Ceningan Wall presenta pareti verticali fino a 40 metri e avvistamenti regolari di squali pinna bianca e banchi di carangidi. La zona protetta proibisce metodi di pesca distruttivi e l'ancoraggio sui coralli vivi, portando a una biomassa ittica misurabilmente superiore rispetto alle zone non regolamentate 15 chilometri a est. I dati del censimento del 2024 hanno documentato popolazioni di mante stabili a circa 120 individui che frequentano il canale tra Lembongan e Penida, con stazioni di pulizia attive durante le maree entranti quando la densità di plancton raggiunge il picco. L'infrastruttura di superficie si è ampliata nel 2022 quando tre centri immersioni hanno aggiunto sistemi a membrana nitrox e potenziato gli impianti di compressori per accogliere 40 subacquei al giorno senza degrado della qualità. Gli orari dei corsi seguono la struttura modulare PADI: teoria tramite e-learning completata prima dell'arrivo, sessioni in acque confinate nella tranquilla baia nord-orientale prima delle 10:00 e immersioni di verifica in siti intermedi dove la profondità massima rimane entro i limiti della certificazione. Gli istruttori mantengono un rapporto studente-istruttore di 4:1 per i programmi Open Water e 2:1 per i partecipanti al Discover Scuba. La tassa del parco marino — 100.000 IDR a persona al giorno — finanzia le pattuglie dei ranger e la manutenzione delle boe di ormeggio in tutti i 16 siti, riscossa al check-in presso il centro prima dell'emissione dell'attrezzatura.