El Área Marina Protegida que rodea Nusa Lembongan, establecida en 2010, protege 200 kilómetros cuadrados de ecosistemas de arrecifes y designa 16 puntos de buceo nombrados accesibles a 20 minutos en barco desde el puerto de Jungut Batu. La visibilidad del agua promedia entre 15 y 30 metros durante todo el año, con termoclinas que descienden hasta los 18°C durante la temporada de afloramiento de agosto a octubre, cuando los mola mola (peces luna oceánicos de más de 2,000 kilogramos) ascienden desde canales más profundos hasta estaciones de limpieza cerca de Crystal Bay y Manta Point. Los operadores afiliados a PADI en la isla ofrecen toda la progresión de certificaciones recreativas: sesiones introductorias de Descubrimiento de Buceo (Discover Scuba Diving) para principiantes, cursos de Open Water Diver que abarcan de tres a cuatro días con habilidades en aguas confinadas y cuatro inmersiones de entrenamiento en aguas abiertas, y módulos de Advanced Open Water que enfatizan el buceo a la deriva y especialidades de buceo profundo adaptadas a la topografía de la isla arrastrada por las corrientes. Los sitios del norte (Blue Corner, Jackfish Point, Mangrove) presentan jardines de coral de suave pendiente y especies macro que incluyen caballitos de mar pigmeos y morenas cinta azul, mientras que la exposición sur en Ceningan Wall presenta caídas verticales hasta los 40 metros y avistamientos regulares de tiburones de puntas blancas y bancos de jureles. La zona protegida prohíbe métodos de pesca destructivos y el anclaje sobre coral vivo, lo que resulta en una biomasa de peces considerablemente mayor en comparación con las zonas no reguladas 15 kilómetros al este. Los datos de una encuesta de 2024 documentaron poblaciones de mantarrayas estables en aproximadamente 120 individuos que frecuentan el canal entre Lembongan y Penida, con estaciones de limpieza activas durante las mareas entrantes cuando la densidad de plancton alcanza su punto máximo. La infraestructura en superficie se expandió en 2022 cuando tres centros de buceo añadieron sistemas de membrana de nitrox y mejoraron las instalaciones de compresores para acomodar a 40 buceadores diarios sin degradación de la calidad. Los horarios de los cursos siguen la estructura modular de PADI: teoría mediante aprendizaje en línea completada antes de la llegada, sesiones en aguas confinadas en la tranquila bahía noreste antes de las 10:00, e inmersiones de control en sitios intermedios donde la profundidad máxima permanece dentro de los límites de certificación. Los instructores mantienen ratios de 4:1 alumnos para programas de Open Water, y 2:1 para participantes de Discover Scuba. La tarifa del parque marino (100,000 IDR por persona por día) financia las patrullas de guardabosques y el mantenimiento de las boyas de amarre en los 16 sitios, cobrada en el registro de la tienda antes de la entrega del equipo.